Jan Jerzy Kułakowski urodził się 25 sierpnia 1930 roku jako syn inżyniera Konrada Kułakowskiego i matki Belgijki Elodie Claessens. Jako nastolatek walczył w Powstaniu Warszawskim, w pułku "Baszta". W 1946 r. wyemigrował do Belgii, gdzie ukończył prawo i nauki polityczne na prestiżowym Katolickim Uniwersytecie w Leuven. Tam też uzyskał tytuł doktora prawa.
Od 1954 roku jako członek Sekretariatu Generalnego Międzynarodowej Konferencji Chrześcijańskich Związków Zawodowych prowadził negocjacje z autorytarnymi rządami na całym świecie, uwalniając z więzień ludzi represjonowanych za działalność związkową. W 1958 roku został sekretarzem, a w 1962 - sekretarzem generalnym Europejskiej Organizacji Międzynarodowej Konfederacji Chrześcijańskich Związków Zawodowych, a następnie Europejskiej Organizacji Światowej Konfederacji Pracy. W latach 1974-1988 był sekretarzem generalnym Światowej Konfederacji Pracy.
Po przemianach roku 1989 zaczął działać na rzecz europejskiej integracji Polski. W 1990 roku został pierwszym ambasadorem RP przy Wspólnotach Europejskich w Brukseli. W tym czasie Polska wynegocjowała i podpisała układ stowarzyszeniowy, złożyła formalny wniosek o członkostwo (1994 r.)
W 1998 roku, już jako pełnomocnik rządu do spraw negocjacji członkowskich Polska-UE w rządzie Jerzego Buzka, Jan Kułakowski rozpoczął negocjacje z UE, zakończone na szczycie w Kopenhadze w grudniu 2002 r. Kułakowski był polskim negocjatorem przez trzy i pół roku, do października 2001.
13 czerwca 2004 r. został wybrany do Parlamentu Europejskiego otrzymując największą liczbę głosów w Wielkopolsce. Pełnił funkcję wiceprzewodniczącego Stowarzyszenia Francja-Polska dla Europy, należał do Rady Fundatorów Polskiej Fundacji im. Roberta Schumana.
Otrzymał wiele krajowych i zagranicznych odznaczeń m.in.:
Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski,
Polska Nagroda Europejska przyznawana przez Polską Fundację im. Roberta Schumana,
Order Orła Białego,
Dyplom Specjalny Ministra Spraw Zagranicznych za specjalne zasługi w promocji Polski za granicą,
Nagroda Kisiela,
Francuski Order Kawalera Legii Honorowej oraz Narodowy Order Wielkiego Oficera Zasługi za wkład w rozwój stosunków polsko-francuskich oraz dorobek na rzecz integracji Unii Europejskiej
W 2000 r. otrzymał tytuł Honorowego Obywatela Miasta Myszkowa.
Żonaty z Zofią Wajs-Kułakowską. Miał trzy córki: Krystynę, Barbarę i Elżbietę.
Zmarł 25 czerwca 2011 r., pochowany został na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie. Od 25 czerwca 2012 r. rondo u zbiegu ulic Kościuszki i Pułaskiego w Myszkowie nosi imię Jana Jerzego Kułakowskiego.